公司内设综合办公室、财务管理部、综合业务部、经营发展部、园区管理办公室等五个部门，具体部门职责如下：
一、综合办公室
作为公司的综合协调和服务中心，负责公司的日常行政、人事、党建、宣传、法务、后勤等。
二、财务管理部
作为公司的财务管理和核算中心，负责公司的财务规划、核算、分析和风险控制等。
三、综合业务部
作为公司综合业务的服务窗口，负责人才项目评审、档案管理、人力资源服务、产业园招商租赁服务、承担招才引智、两岸青年创业孵化基地运营、产业园“两市场”运营等多元化服务。
四、经营发展部
作为公司的业务拓展和创新发展部门，负责公司战略规划与实施、产业投资策划、“平台经济”运营及归口管理各分公司业务等。
五、园区管理办公室
作为综合办公室的补充，做好园区日常综合管理工作，主要负责园区对外交流服务、园区文化建设、安全生产、项目建设及物业管理等。